激光共聚焦顯微鏡在醫療領域主要有以下幾個應用

　　激光共聚焦顯微鏡[Confocal Laser Scanning Microscope（CLSM或LSCM）]在反射光的光路上加上了一塊半反半透鏡（dichroic mirror），將已經通過透鏡的反射光折向其它方向，在其焦點上有一個帶有針孔（Pinhole）的擋板，小孔就位于焦點處，擋板后面是一個光電倍增管（photomultiplier tube，PMT）。可以想像，探測光焦點前后的反射光通過這一套共焦系統，必不能聚焦到小孔上，會被擋板擋住。于是光度計測量的就是焦點處的反射光強度。其意義是：通過移動透鏡系統可以對一個半透明的物體進行三維掃描。

　　激光共聚焦顯微鏡是利用光學相干斷層成像術，一種高分辨率、非接觸性的生物組織成像技術，能使醫生在活體上獲得類似于眼組織病理改變的影像，是繼眼科放射、超聲、眼底血管造影診斷后又一全新的影像學診斷技術。是通過近紅外弱相干光學射到待測組織，依據光的干涉性產生干涉，采用超外差探測技術，測量反射回來的光強，用于組織淺表層成像，光學相干層析成像系統主要由共焦顯微鏡和弱相干干涉儀組成，有一系列的軸向深度掃描建，立OCT圖像，OCT是由低相干光源光纖邁克爾遜干涉儀和光電探測系統等構成

　　激光共聚焦顯微鏡可以對活體組織進行原位、無創及實時的微結的探測和成像。因此，在醫療領域主要有以下幾個應用：

　　1.對管準過動脈、眼睛及神經系統的檢查；

　　2.提高傳統活檢的檢查準確率；

　　3.作為外部介入治療的導向；

　　4.眼角膜移植手術中，用激光對眼角膜切合后，利用OCT技術進行移植。